Verso la fine del secolo scorso, lo studioso inglese Philip L. Slater ipotizzò l'esistenza di un sub-continente sommerso (da lui battezzato "Lemuria") che avrebbe potuto unire l'Africa all'Asia in un'epoca remotissima. Non c'è da stupirsi se, nel romantico clima ottocentesco, l'ipotesi dell' esistenza di un nuovo continente scomparso incontrò subito grande successo.
Nel 1888 Helena Blavatsky, fondatrice di un gruppo esoterico chiamato "Società Teosofica", confermò entusiasticamente la teoria, che lei già conosceva per averla letta nelle misteriose "Stanze di Dzyan", un antico libro scritto in una lingua sconosciuta che racchiudeva la storia dimenticata dell'uomo. Secondo la Blavatsky, ad Atlantide e a Lemuria abitava la terza di sei razze che avrebbero popolato la terra in tempi remoti; i suoi rappresentanti erano poco meno che Dei, dotati di straordinarie conoscenze esoteriche poi tramandatesi solo entro una ristrettissima cerchia di iniziati.

La Teosofia popolarizzò così una nuova concezione di Atlantide: il continente divenne d'improvviso l'inizio del sapere e della civiltà, addirittura la fonte primigenia della civilizzazione.
Alcuni "Grandi iniziati" sopravvissuti alla sua distruzione, tra cui il Mago Merlino dei miti di Re Artù, avrebbero trasmesso ai loro discendenti segrete conoscenze esoteriche: come gli alieni per i fautori dell' "ipotesi extraterrestre", essi sarebbero i responsabili di molte delle costruzioni, oggetti e fenomeni inesplicabili.

Nel 1935 il medium americano Edgar Cayce affermò in stato di trance che Atlantide era stata distrutta a causa del cattivo uso di oscure forze da parte di malvagi sacerdoti, e predisse che alcune parti del continente perduto sarebbero riemerse entro pochi anni a Bimini, al largo della costa della Florida. In effetti, proprio in questa località e proprio alla data prevista, nel 1969, l'archeologo subacqueo Manson Valentine rinvenne alcune costruzioni sommerse (le tracce di una larga strada e un tempio) la cui origine è tutt'ora in discussione. Secondo l' "ipotesi extraterrestre", Atlantide e Mu sarebbero invece state basi di alieni, distruttesi a causa di un cattivo uso dell'energia nucleare.