Sostanzialmente le prime novità oltre ai dialoghi platonici iniziarono a comparire nella prima metà del XVI secolo, quando si cominciò a parlare di un'origine atlantidea delle civiltà americane appena scoperte.
Si cominciavano a rilevare alcune analogie tra la civiltà dell'antico Egitto e quelle dell'America Centrale: costruzioni piramidali, imbalsamazione, anno diviso in 365 giorni, leggende, affinità linguistiche. Atlantide sarebbe stata dunque una sorta di ponte naturale tra le due civiltà, esteso, probabilmente, tra le Azzorre e le Bahamas.

Nel XIX secolo poi, l'abate fiammingo Charles Brasseur tentò una traduzione di uno dei pochi codici Maya sopravvissuti alla distruzione a opera dei colonizzatori spagnoli. Ne venne fuori la sorprendente descrizione di un grande cataclisma molto simile nel periodo e nello svolgimento a quello raccontato da Platone nei suoi dialoghi. Per inciso, Brasseur indica con Mu il nome di questo continente, sostenendo che si tratti della denominazione Maya per Atlantide. Attraverso successive modifiche si giunse all'interpretazione di James Churchward, nella prima metà del Novecento, che collocò Mu nell'Oceano Pacifico e immaginò Atlantide come una sua colonia. Successivamente le due vennero interpretate come civiltà distinte.

L'interpretazione di Brasseur fu modificata e ampliata da Ignatius Donnely che nel 1882 pubblicò il libro Atlantis: The Antediluvian World. In esso si cerca di fornire le prove che questa civiltà, scomparsa in seguito al noto cataclisma, sia stata all'origine delle successive civiltà umane e dei loro miti riguardanti un'epoca prospera e felice interrotta all'improvviso da un diluvio.
Donnely porta a sostegno della sua teoria una serie di prove nei più disparati campi. Oltre a riprendere e ampliare le argomentazioni basate sulle somiglianze linguistiche tra l'America e vari idiomi del vecchio continente, usa anche indizi di tipo geologico, citando isole distrutte o emerse in poche ore a causa di terremoti o eruzioni vulcaniche, riferisce inoltre di somiglianze tra la flora e la fauna al di là dell'Atlantico e, infine, cita un'impressionante serie di tradizioni comuni ai diversi popoli dei vari continenti, compresa la presenza pressoché capillare in ogni popolazione di leggende riguardanti un antico diluvio. Questa teoria è stata ripresa più recentemente da altri autori che ipotizzano come causa del cataclisma la caduta di un asteroide sulla Terra.